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長時間養殖會使養殖水體底部積累大量的殘余餌料、排泄廢物、動植物殘體以及有害氣體(氨、硫化氫等)，這些物質往往導致水質敗壞，使水產動物受到毒害。研究發現，養殖水體中的某些有益微生物的代謝具有氧化、氫化、硝化、反硝化、解磷、硫化及固氮等作用，能將上述有機物質分解為二氧化碳、硝酸鹽、硫酸鹽等。這樣既能在不中斷養殖過程中及時有效地清除有害物質、凈化水質，又能為單細胞藻類的繁殖提供營養物質，促進藻類繁殖。這些藻類的光合作用，又為池內養殖動物的呼吸、有機物的分解提供氧氣，從而形成一個良性的生態循環，有利于水產養殖動物的生長。同時由于這些有益微生物的大量繁殖，在池內形成優勢種群，可抑制病原微生物的繁殖，減少病害發生。
枯草芽孢桿菌能大量消耗水體中的有機質，將其分解為小分子有機酸、氨基酸及氨，改善水質，為單胞藻提供營養，凈化水質。沈錦玉(2006)在水體使用枯草芽孢桿菌B115制劑后，對養殖水體的溶氧和pH無明顯影響，但對氨氮、亞硝酸鹽和硫化物均有大幅度降低。尹文林(2006)在蟹池和魚池中分別加入枯草芽孢桿菌作為水質改良劑發現，其對池塘氨氮、亞硝酸鹽氮和硫化物有明顯的降解作用，大降解峰值出現在3-4 d，有效時間持續超過7 d。湯寶貴等(2007)研究也表明，枯草芽孢桿菌能明顯凈化水質，降低蝦池中的COD、亞硝酸氮和氨氮。試驗表明，只有當枯草芽孢桿菌B115濃度超過1 000mg/kg時，可能因為菌體耗氧及培養基在水體中的氧化作用導致魚缺氧而死。因此，作為水質改良劑可視水質情況每7 d潑灑全池1次，使用后及時開增氧機，以保證達到好的使用效果。
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