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解淀粉芽孢桿菌的作用機理主要包括分泌抗菌物質，產生拮抗作用，營養與空間的競爭，誘導寄主產生抗性和促進植物生長等。
1、分泌抗菌物質：產生低分子量抗生素以及抗菌蛋白或多肽等活性物質，抑制植物病原菌，并且可作為根圍細菌促進植物生長，通過非核糖體途徑合成分子量小熱穩定性好、含有D-氨 基酸、耐受蛋白酶水解以及有機溶劑作用的脂肽類抗生素，在生物防治應用中對植物病原細菌、真菌、病毒、線蟲的抑制起到主要作用。
2、拮抗作用：微生物通過同化作用產生抗菌物質抑制有害病原物的生長或發展或直接殺滅病原物，與病原菌直接作用，除了產生抗菌素等次級代謝產物外，還會產生一系列對病原菌抑制起到重要作用的胞外水解酶。
3、營養和空間的競爭：可以迅速地搶占果蔬傷口的營養空間生長存活并大量繁殖。并盡可能快地消耗掉傷口營養，使得病原菌得不到合適的營養與空間條件而不能繁殖從而抑制病害的發生。
4、誘導寄主產生抗性：植物組織在遭受機械損傷或者病原菌浸染時，體內會自發產生一系列生理生化反應來抵抗這些因素對自身的傷害，解淀粉芽孢桿菌可以誘導植物這種自然防御機能。
5、促進植物生長：解淀粉芽孢桿菌可以產生赤霉素、細胞分裂素等多種生理活性物質和氨基酸類物質。促進植物根系及植株生長，增強植物抗病性，從而間接地減少病害發生。
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